当部門は、医学部附属病院の薬剤部、医学研究科の臨床薬剤学、薬学研究科の病院薬剤学より構成されています。
薬剤部長が医学研究科教授（臨床薬剤学）、薬学研究科教授（病院薬剤学）を兼任しており、臨床業務、臨床研究、臨床につながる基礎研究が有機的に連携して行われています。このことは、薬学部、医学部等の学生に対する教育にも活かされています。
